Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ có trách nhiệm trong việc giải quyết các khiếu nại hành chính trong quá trình xác lập, huỷ bỏ văn bằng bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp như sau:

Tiếp nhận đơn, thư khiếu nại. Trong trường hợp thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng Bộ Khoa học và công nghệ (đã có quyết định giải quyết khiếu nại lần thứ nhất của Cục trưởng Cục Sở hữu trí tuệ), thì thông báo cho các bên biết việc chấp nhận thụ lý.

- Thẩm tra, xác minh nội dung khiếu nại. tổ chức đối thoại trực tiếp giũa các bên (trong trường hợp cần thiết), hoặc tham khảo ý kiến của tổ chức, cá nhân tư vấn hoặc đề xuất thành lập hội đồng tư vấn.

- Lập tờ trình, đề xuất phương án giải quyết trình Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ.

Trên cơ sở Luật Khiếu nại, tố cáo và các văn bản hướng dẫn thi hành, phương án giải quyết khiếu nại trong quá trình xác lập, huỷ bỏ, sửa đổi văn bằng bảo hộ, có thể từ các nguồn sau:

Đề xuất của chính Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ

Đề xuất tư vấn của Hội đồng tư vấn do Bộ Khoa học và Công nghệ thành lập,

Đề xuất tư vấn của Hội Sở hữu trí tuệ Việt Nam.

Các đề xuất trên được Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ xử lý và thể hiện trong Tờ trình  trình Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ.